M&Aキャピタルパートナーズと日本M&Aセンターは、どちらも東証プライム上場の大手M&A仲介会社ですが、手数料の計算方式・着手金の有無・得意とする案件規模に明確な違いがあります。この2社を比較するとき、最も重要なのは「手数料がいくらかかるか」と「自社のM&Aに強い会社はどちらか」の2点です。
この記事では、2026年5月時点の公式情報・IR情報をもとに、両社の手数料体系・成約実績・ネットワーク規模・向いている企業タイプを整理します。会社売却を検討している中小企業のオーナー経営者が、どちらに相談すべきか判断できる内容を目指しています。
M&Aキャピタルパートナーズ vs 日本M&Aセンター：主要項目の比較一覧
まず両社の主要な違いを一覧で確認します。詳しい解説は以降の各セクションで行います。
比較項目 | M&Aキャピタルパートナーズ | 日本M&Aセンター |
|---|---|---|
設立 | 2005年10月 | 1991年4月 |
着手金 | ゼロ（基本合意まで費用なし） | あり（金額は非公開・要問い合わせ） |
手数料の計算ベース | 株式譲渡価額（純粋な株の売却額） | 時価総資産額（借入金を含む総資産） |
料率（レーマン方式） | 5億円以下:5% / 5〜10億円:4% / 10〜50億円:3% / 50〜100億円:2% / 100億円超:1% | 同率（ただし計算ベースが異なる） |
最低報酬額 | 約2,750万円（税込）※複数の第三者ソースによる。公式サイトでの明示なし | 約2,200万円（税込）※複数の第三者ソースによる。公式サイトでの明示なし |
中間報酬 | 成功報酬総額の約10%（基本合意時） | 未確認（公式サイトでは記載なし） |
年間成約件数 | 248件（2025年9月期） | 1,088件（2024年・ギネス世界記録認定） |
累計成約件数 | 1,000件以上 | 10,000件以上 |
コンサルタント数 | 258名（2025年9月時点） | 約1,062名（連結従業員・2026年3月末） |
国内拠点数 | 4拠点（東京・大阪・名古屋・福岡） | 7拠点＋16サテライト（全47都道府県対応） |
提携金融機関 | 非公開 | 地方銀行95行・信用金庫221金庫 |
海外対応 | シンガポール（レコフ傘下） | 5ヶ国（シンガポール・インドネシア等） |
得意業種 | 調剤薬局（国内No.1実績）・製造業等 | 業種を問わず幅広く対応 |
担当制 | 専任コンサルタント制 | 複数担当制（案件によって異なる） |
PMI支援 | なし（成約後は別途対応） | あり（成約後の統合支援を提供） |
上場市場 | 東証プライム（証券コード: 6080） | 東証プライム（証券コード: 2127） |
出典: 各社公式サイト・IR情報（2026年5月確認）
⚠️ 最低報酬額について: M&Aキャピタルパートナーズの「約2,750万円（税込）」、日本M&Aセンターの「約2,200万円（税込）」は、複数の専門メディアが記載している数値ですが、いずれも公式サイトには明示されていません。実際の金額は案件規模や条件によって異なる場合があります。正確な費用は各社に直接問い合わせることをおすすめします。
M&Aキャピタルパートナーズの特徴・手数料体系
M&Aキャピタルパートナーズ株式会社は、2005年設立・東証プライム上場のM&A仲介会社です。「着手金ゼロ」と「株価レーマン方式」による手数料の低さを最大の訴求ポイントとしており、2025年9月期の売上高は約224億円（前期比+17.1%）と成長を続けています。
手数料体系：着手金ゼロ・株価ベースのレーマン方式
M&Aキャピタルパートナーズの手数料の特徴は次の3点です（出典: 公式サイト https://www.ma-cp.com/about/fee/ ・2026年5月確認）。
1. 相手候補が見つかるまで費用ゼロ
着手金・月次報酬・企業価値評価診断（バリュエーション）はすべて無料。費用が最初に発生するのは「基本合意」の段階で、そこで成功報酬総額の約10%が中間報酬として発生します。残りの約90%は最終契約（クロージング）時に支払います。
2. 手数料の計算ベースは「株式譲渡価額」のみ
日本M&Aセンターとの最大の違いがここです。M&Aキャピタルパートナーズは、実際に売却した株式の価額（株価）のみを基準に手数料を計算します。借入金や負債は計算に含まれません。
レーマン料率表（株式譲渡価額ベース・2026年5月時点）:
取引価額（株式譲渡価額） | 料率 |
|---|---|
5億円以下の部分 | 5% |
5億円超〜10億円以下の部分 | 4% |
10億円超〜50億円以下の部分 | 3% |
50億円超〜100億円以下の部分 | 2% |
100億円超の部分 | 1% |
計算例（株式譲渡価額15億円の場合）:
（5億円×5%）+（5億円×4%）+（5億円×3%）= 6,000万円
3. 最低報酬額は約2,750万円（税込）とされる
公式サイトには明示されていませんが、複数の専門メディアが2,750万円（税込2,500万円）を最低報酬額として記載しています（ma-madoguchi.jp・speed-ma.com ほか）。年商規模が小さく売却価格が低くなりそうな場合、最低報酬額が適用されることでコストが相対的に高くなる可能性があります。
M&Aキャピタルパートナーズの主な強み
- 着手金ゼロ — 売り手にとって初期費用リスクがない。相手が見つからなければ費用は発生しない
- 株価レーマン方式で計算が明瞭 — 借入金が多い企業にとって大幅に割安になるケースがある
- 調剤薬局M&Aで国内No.1実績（公式サイト記載） — 薬局・医療業界に特化した専門知識
- 専任コンサルタント制 — 1名の担当者が最初から最後まで一貫して担当。担当者変更リスクが低い
- 大型案件の成約実績 — 2025年9月期に手数料1億円超の大型案件を62件成約（全体の約25%）
M&Aキャピタルパートナーズの注意点
- 最低報酬が業界内で高め（約2,750万円・税込） — 年商が小さく売却価格が低い案件ではコスト負担が重い
- 拠点数が少ない — 東京・大阪・名古屋・福岡の4拠点。地方の企業は対面相談しにくいケースがある
- PMI（成約後支援）がない — 成約後の経営統合支援は対応していない（別途専門家が必要）
日本M&Aセンターの特徴・手数料体系
株式会社日本M&Aセンターは、1991年創業・東証プライム上場のM&A仲介会社です。業界最大の成約実績（累計10,000件超・2024年は年間1,088件でギネス世界記録認定）と、地方銀行95行・信用金庫221金庫との提携ネットワークを最大の強みとしています。
手数料体系：着手金あり・時価総資産ベースのレーマン方式
日本M&Aセンターの手数料の特徴は次の3点です（出典: 公式サイト https://www.nihon-ma.co.jp/service/fee/ ・2026年5月確認）。
1. 着手金が発生する
売り手・買い手ともに着手金が発生します。金額は公式サイトで非公開となっており、問い合わせ時に個別に提示される形式です。第三者メディアでは「100〜300万円程度」という情報が流通していますが、公式確認ができないため断定的には記載できません。
2. 手数料の計算ベースは「時価総資産額」
M&Aキャピタルパートナーズが「株式譲渡価額」を基準にするのに対し、日本M&Aセンターは借入金を含む時価総資産額を基準に手数料を計算します。この違いが実際の費用に大きく影響します（後述の「具体的な費用シミュレーション」で解説）。
レーマン料率表（時価総資産ベース・2026年5月時点）:
時価総資産額 | 料率 |
|---|---|
5億円以下の部分 | 5% |
5億円超〜10億円以下の部分 | 4% |
10億円超〜50億円以下の部分 | 3% |
50億円超〜100億円以下の部分 | 2% |
100億円超の部分 | 1% |
3. 最低報酬額は約2,200万円（税込）とされる
こちらも公式サイトには明示されていませんが、複数の専門メディアが2,200万円（税込2,000万円）を最低報酬額として記載しています（ma-succeed.jp・bizisaku.com ほか）。
日本M&Aセンターの主な強み
- 業界最大の成約実績 — 年間1,088件（2024年・ギネス世界記録5年連続認定）・累計10,000件超
- 地方銀行・信金・会計事務所ネットワーク — 地方銀行95行・信用金庫221金庫・会計事務所1,072と提携。買い手候補を全国から探せる
- 全国7拠点＋16サテライト — 全47都道府県をカバー。地方の中小企業でも対面相談しやすい
- 事業承継の専門知識と実績 — 後継者不在の中小企業向けの事業承継型M&Aに豊富な実績
- PMI支援を提供 — 成約後の経営統合支援（PMI）まで一貫してサポート
- 海外M&A対応 — アジア5ヶ国に現地法人。海外展開・クロスボーダーM&Aにも対応
- AIマッチングシステム — 買い手候補の絞り込みが従来の3日→30分に短縮
日本M&Aセンターの注意点
- 着手金が発生する — 売却が不成立でも、着手金は返金されないリスクがある
- 時価総資産ベースの計算方式 — 借入金が多い企業は手数料が割高になりやすい
- 2021〜2022年の不正会計問題 — 2021年に契約書偽造・売上高の前倒し計上が発覚。現在はガバナンス強化を実施し、業績は回復傾向（2025年4〜12月期 純利益47.2%増）。詳細は公式プレスリリースを確認のこと
手数料の違いを具体的な数字で比較
両社の最大の違いは手数料の計算ベースです。同じ案件でも、計算方式の違いによって支払う手数料が大きく変わります。以下のシミュレーションで具体的に確認しましょう。
シミュレーション①：借入金がある場合の比較
前提条件: 株式価値（売却価格）3億円、借入金1億円がある会社
項目 | M&Aキャピタルパートナーズ | 日本M&Aセンター |
|---|---|---|
手数料の計算ベース | 株式譲渡価額：3億円 | 時価総資産額：4億円（借入1億円を含む） |
成功報酬 | 3億円×5%＝1,500万円 | 4億円×5%＝2,000万円 |
着手金 | ゼロ | 非公開（要問い合わせ） |
差額 | — | M&Aキャピタルより500万円以上高くなる可能性 |
借入金1億円で計算ベースが違うだけで、500万円の差が生じます。借入金が多い企業ほど、この差は大きくなります。
シミュレーション②：借入金がない場合の比較
前提条件: 株式価値3億円、借入金ゼロの会社
項目 | M&Aキャピタルパートナーズ | 日本M&Aセンター |
|---|---|---|
手数料の計算ベース | 株式譲渡価額：3億円 | 時価総資産額：3億円（借入なし） |
成功報酬 | 3億円×5%＝1,500万円 | 3億円×5%＝1,500万円 |
差額 | — | ほぼ変わらない（最低報酬額の差のみ） |
最低報酬の適用 | 約2,750万円（税込）が下限 | 約2,200万円（税込）が下限 |
借入金がない場合、成功報酬の計算では2社は同額になります。ただし最低報酬額が適用される場合は、M&Aキャピタルパートナーズのほうが高くなります（約2,750万円 vs 約2,200万円）。
手数料比較のまとめ
- 借入金が多い企業 → M&Aキャピタルパートナーズが割安になりやすい
- 借入金がない・少ない企業 → 最低報酬額の観点では日本M&Aセンターが若干安い
- 初期費用を最小化したい → M&Aキャピタルパートナーズ（着手金ゼロ）
- 売却価格の規模が小さい（3億円未満） → どちらも最低報酬が適用される可能性があり、割高感がある
⚠️ 重要な注意: 上記の最低報酬額（M&Aキャピタルパートナーズ：約2,750万円、日本M&Aセンター：約2,200万円）は、複数の専門メディアが掲載している数値であり、公式サイトには明示されていません。実際の手数料は案件ごとに異なります。費用の詳細は必ず各社に直接確認してください。 なお、手数料の税務上の取り扱いについては税理士・会計士にご相談ください。
成約実績・ネットワーク規模の比較
両社の実績・規模には大きな差があります。ただし、規模が大きければ必ず良いわけではなく、案件の性質によって向き不向きが変わります。
成約件数・売上高（2025年最新）
指標 | M&Aキャピタルパートナーズ | 日本M&Aセンター |
|---|---|---|
年間成約件数 | 248件（2025年9月期） | 1,088件（2024年・ギネス世界記録） |
累計成約件数 | 1,000件以上 | 10,000件以上 |
売上高 | 約224億円（2025年9月期） | 約441億円（2025年3月期・HD連結） |
1件あたりの平均手数料 | 約9,000万円超（業界トップクラス） | 約4,000万円前後（推定） |
手数料1億円超の案件 | 62件（2025年9月期・全体の約25%） | — |
出典: 各社IR情報・ギネス世界記録プレスリリース（2025年10月6日）・日経新聞報道
M&Aキャピタルパートナーズは件数ではなく「1件あたりの高い成約単価」を強みとしており、大型・中型案件に特化した戦略を取っています。日本M&Aセンターは件数規模・ネットワーク規模の大きさが際立ちます。
ネットワーク・対応力
比較項目 | M&Aキャピタルパートナーズ | 日本M&Aセンター |
|---|---|---|
国内拠点 | 4拠点（東京・大阪・名古屋・福岡） | 7拠点＋16サテライト |
地方カバー力 | 中程度（主要都市のみ） | 高い（全47都道府県） |
提携金融機関 | 非公開 | 地方銀行95行・信金221金庫 |
提携会計事務所 | 非公開 | 1,072事務所 |
海外対応 | シンガポール（レコフ傘下） | アジア5ヶ国（現地法人） |
登録M&A支援機関 | ✅ 登録済み | ✅ 登録済み（協会幹事会員） |
日本M&Aセンターのネットワーク規模は圧倒的です。特に地方の中小企業にとって、地方銀行や信金経由での買い手候補探しは大きな強みになります。
どちらに向いているか：企業タイプ別おすすめ
両社の違いを踏まえて、企業の状況ごとにどちらを優先すべきかを整理します。
M&Aキャピタルパートナーズが向いている企業
以下の条件に当てはまる場合、M&Aキャピタルパートナーズへの相談を優先的に検討するとよいでしょう。
おすすめの状況:
- 調剤薬局・薬局グループを経営している — 国内No.1実績のある得意分野
- 借入金が多く、時価総資産と株式価値に大きな差がある — 株価レーマン方式のほうが手数料が低くなるケースが多い
- 初期費用をゼロにしたい — 着手金なし・相手が見つからなければ費用不発生
- 売却価格が5億円以上の中型〜大型案件 — 1件あたりの支援密度が高く、大型案件への対応力がある
- 都市部（東京・大阪・名古屋・福岡）に本社がある — 対面相談しやすい
- 1人の担当者に一貫してサポートしてほしい — 専任コンサルタント制を採用
注意が必要な状況:
- 年商1億円未満の小規模企業（最低報酬の観点から実質的に対象外になりやすい）
- 地方（主要4都市以外）に本社がある企業（拠点が少なくアクセスが不便）
- 成約後の経営統合支援（PMI）まで求める場合
日本M&Aセンターが向いている企業
以下の条件に当てはまる場合、日本M&Aセンターへの相談を検討するとよいでしょう。
おすすめの状況:
- 地方（地方都市・農村部）に本社がある — 全国7拠点＋16サテライトで対面対応しやすい
- 取引銀行経由でM&Aを相談したい — 地方銀行95行・信金221金庫との提携を活用できる
- 事業承継型のM&A（後継者不在の解決） — 創業以来の豊富な事業承継実績
- 買い手候補を幅広く探したい — 累計10,000件超の実績に基づくマッチングデータベース
- 売却後も経営統合支援（PMI）を求める — 成約後のサポートまで一貫して依頼できる
- 海外の買い手（アジア系企業）も含めて探したい — アジア5ヶ国の現地法人を活用
- 借入金がほぼない財務健全な企業 — 計算ベースの差が出にくい
注意が必要な状況:
- 借入金が多く、時価総資産と株式価値に大きな差がある企業（手数料が割高になりやすい）
- 着手金の支払いが困難な財務状況の企業
- 2021年の不正会計問題について懸念がある場合（現在はガバナンス強化済みとされているが、判断は自己責任で）
両社を検討する前に知っておきたいこと
仲介会社の「利益相反」問題について
M&A仲介会社は基本的に売り手・買い手の双方から手数料を受け取るビジネスモデルです。これは利益相反のリスクを内包しています。両社とも「原則、売り手・買い手から同一金額の手数料」（M&Aキャピタルパートナーズ公式）という形を取っており、この点は念頭に置いておく必要があります。
対照的なサービスとして、売り手のみから手数料を受け取る「FA（ファイナンシャルアドバイザー）」形式があります。FA形式との違いについては M&A FA（財務アドバイザー）とは何か をご参照ください。
専任契約・テール条項の確認
両社とも、通常は「専任媒介契約」を締結します。契約期間中は他の仲介会社への並行相談が制限されるケースがあります。また、「テール条項（テールクロージング）」——契約終了後も一定期間内に成約した場合に手数料が発生する条項——が含まれることがあります。契約前に必ず条項を確認し、疑問点は弁護士に相談することをおすすめします。
複数社への相談を検討する
M&Aの仲介会社選びで最も重要なのは、1社だけの話を聞いて即決しないことです。まず複数社に無料相談・企業価値評価を依頼し、提示された評価額・担当者の質・手数料の透明性を比較した上で判断することをおすすめします。
M&A仲介会社をより広く比較したい場合は、M&A仲介会社おすすめ比較（2026年最新） をあわせてご確認ください。
手数料・費用全体の相場を把握する
仲介手数料以外にも、デューデリジェンス費用・弁護士費用・税務顧問費用等が発生します。M&A全体の費用相場については M&A手数料・費用の相場ガイド で詳しく解説しています。
よくある質問
Q1. M&Aキャピタルパートナーズと日本M&Aセンターの手数料、どちらが安い？
一概には言えません。借入金が多い企業にとっては、株式譲渡価額のみを基準にするM&Aキャピタルパートナーズのほうが安くなる場合があります。一方、借入金がない企業では成功報酬自体はほぼ同額となるため、着手金の有無（M&Aキャピタルはゼロ）と最低報酬額（第三者情報：M&Aキャピタル約2,750万円 vs 日本M&Aセンター約2,200万円）の差で判断することになります。具体的なシミュレーションは「手数料の違いを具体的な数字で比較」セクションをご参照ください。
Q2. 着手金はいくらかかる？
M&Aキャピタルパートナーズは着手金ゼロが公式の方針です。日本M&Aセンターは着手金ありですが、金額は公式サイトで非公開となっており、問い合わせ時に個別に提示されます。第三者メディアでは100〜300万円程度という情報が流通していますが、公式確認はできていません。
Q3. 日本M&Aセンターの不正会計問題は解決されているか？
2021〜2022年に発覚した契約書偽造・売上高前倒し計上問題については、会社側が公式プレスリリースで事実認定と対応策を公表しており、現在はガバナンス強化が進んでいるとされています。2025年4〜12月期には純利益47.2%増（100億円超）と業績も回復しています。ただし、この問題について懸念がある場合は、契約前に担当者に直接確認することをおすすめします。
Q4. 小規模企業（年商1億円未満）はどちらに相談すべき？
両社とも、最低報酬額（約2,200〜2,750万円）の観点から、年商が非常に小さい企業には実質的に不向きとなるケースがあります。小規模M&Aの場合は、スモールM&A専門のプラットフォーム（バトンズ等）や、費用体系が異なる仲介会社を検討するほうがよい場合があります。
Q5. 相談から成約まで何ヶ月かかる？
一般的にM&A仲介を通じた中小企業の売却には6ヶ月〜2年程度かかることが多いとされています。案件の複雑さ・買い手候補の状況・交渉の進み方によって大きく変わります。M&Aの売却プロセスの詳細は M&A売却の流れ・タイムライン をご参照ください。
Q6. 両社とも登録M&A支援機関として登録されているか？
はい、M&Aキャピタルパートナーズ・日本M&Aセンターともに、中小企業庁の「登録M&A支援機関」として登録されています（2026年5月時点）。これは、事業承継・M&A補助金（仲介手数料の一部補助）を利用できる条件の一つです。補助金活用については各社の担当者に確認してください。
まとめ：どちらを選ぶかの判断基準
M&Aキャピタルパートナーズと日本M&Aセンターの最大の違いは、①着手金の有無と②手数料の計算方式（株価ベース vs 時価総資産ベース）の2点です。
M&Aキャピタルパートナーズを優先すべきケース:
- 着手金なしで相談を始めたい
- 借入金が多く、時価総資産と株式価値に大きな差がある
- 調剤薬局・薬局業界のM&A
- 大型案件（売却価格5億円以上）で専任担当者のサポートを受けたい
日本M&Aセンターを優先すべきケース:
- 地方（主要4都市以外）に本社があり、対面で相談したい
- 地方銀行や信金のネットワークを活用して買い手候補を広く探したい
- 事業承継型のM&A（後継者不在の解決）
- 成約後の経営統合支援（PMI）まで含めたワンストップサポートを求める
共通して言えること: どちらも高額取引の仲介会社です。最終的な選択は、無料相談・企業価値評価を両社に依頼し、提示内容・担当者の質・手数料の詳細を直接確認した上で判断することをおすすめします。
M&A仲介会社の選び方をより体系的に学びたい方は、M&A仲介会社の選び方ガイド をあわせてご覧ください。
免責事項: 本記事の手数料・最低報酬額に関する情報は、公式サイトおよび複数の専門メディア（2026年5月時点）をもとにまとめたものです。手数料の詳細・最終的な条件は案件ごとに異なります。M&Aの判断は専門家（税理士・弁護士・M&Aアドバイザー）に相談した上で行うことをおすすめします。
参考情報・出典一覧（2026年5月時点確認）
- M&Aキャピタルパートナーズ 公式手数料ページ: https://www.ma-cp.com/about/fee/
- M&Aキャピタルパートナーズ 会社概要: https://www.ma-cp.com/corporate/
- 日本M&Aセンター 公式手数料ページ: https://www.nihon-ma.co.jp/service/fee/
- 日本M&Aセンター 会社概要: https://www.nihon-ma.co.jp/corporate/information.html
- M&Aキャピタルパートナーズ 2025年9月期決算短信（2025年10月30日）
- 日本M&Aセンター ギネス世界記録認定プレスリリース（2025年10月6日）: https://prtimes.jp/main/html/rd/p/000000538.000081927.html
