冷凍・冷蔵倉庫の売却で仲介会社を選ぶなら、「倉庫・物流の業種別支援体制があるか」「成功報酬を何に掛けるか（移動総資産か株価か）と最低報酬額」「冷凍設備・不動産の評価を買い手に説明できるか」の3点で絞り込むのが結論です。 現時点で倉庫・物流の専用ページや専門チームを公式に持つのは日本M&Aセンター・ストライク・M&Aベストパートナーズで、料金の透明性ではインテグループ・M&A総合研究所、小規模案件ではバトンズや事業承継・引継ぎ支援センターが比較対象になります。
冷蔵倉庫は、トラック台数とドライバーが価値の中心になる運送業と違い、「立地」「庫腹（所管容積・冷蔵能力）」「建物と冷凍機の築年数」「冷媒の種類」「荷主との長期契約」で価格が大きく変わります。不動産と設備を抱えるバランスシート型の業種なので、同じ「成功報酬5%」でも支払額に数百万〜数千万円の差が出やすく、設備の法規制を理解していない担当者に任せると、買収監査（DD）で想定外の減額を受けることもあります。
この記事でわかること：
- 冷凍・冷蔵倉庫の売却で候補になる仲介会社6社と、マッチングサイト・公的窓口の手数料・対応体制の比較
- 設備・不動産を持つ業種で手数料が膨らみやすい理由と、譲渡価額1.5億円・10億円での試算
- 単独の冷蔵倉庫から売上数十億円の低温物流会社まで、規模別にどこへ相談すべきか
- 倉庫業登録の承継、フロン排出抑制法・高圧ガス保安法、自然冷媒補助金の返還リスクなど売却前に整えるべき項目
- 2026年の実際の取引事例（成田冷蔵・Umiosロジ・サンワロジ）と売却価格の考え方
この記事は、営業冷蔵倉庫を保有・運営する中小倉庫会社、冷凍冷蔵の保管と配送を行う低温物流会社、製氷・凍結事業を併営する会社のオーナー経営者に向けて書いています。買い手側ではなく、会社を譲り渡す側の判断材料としてまとめました。
本文中の手数料・業界データは、各社公式サイトおよび公的機関・業界団体の公表資料をもとにしています（出典と確認日は各表の下に記載）。料金体系は改定されることがあるため、最終的な金額は必ず各社の公式料金ページと見積書でご確認ください。
まず結論：冷凍・冷蔵倉庫の売却で候補になる相談先
冷凍・冷蔵倉庫や低温物流会社の売却で現実的な相談先は、次の6社と、マッチングサイト・公的窓口です。倉庫・物流への対応状況と、どんな会社に合うかを先にまとめます。
相談先 | タイプ | 倉庫・低温物流への対応（公式で確認できた範囲） | こんな会社におすすめ |
|---|---|---|---|
日本M&Aセンター | 総合大手 | 「倉庫・その他運輸関連サービス業界」「物流業界」の業種別ページを常設。物流・運輸・倉庫カテゴリの公開案件124件 | 全国・海外・異業種まで幅広く買い手を探したい中堅以上の会社 |
ストライク | 総合大手 | 案件サイト「SMART」の物流・運送カテゴリで倉庫・保管案件を扱い、物流専門チームの相談窓口あり | 基本合意まで無料で進め、会計事務所・金融機関経由の買い手も見たい会社 |
M&Aベストパートナーズ | 業界特化部門型 | 物流業特化ページを保有。2026年8月に冷蔵・冷凍物流のコラムを公開 | 保管と冷凍配送を併営し、物流に詳しい担当に一貫して任せたい会社 |
M&A総合研究所 | 総合大手 | 物流業界のM&A動向コラムを保有。売り手は完全成功報酬 | 着手金・中間金なしで、譲渡価額が数億円以上見込める会社 |
インテグループ | 中堅・中小特化 | 完全成功報酬・株価ベース。倉庫業専用ページは未確認 | 借入金が大きく、手数料の計算ベースを重視する会社 |
かえでファイナンシャルアドバイザリー | 中小特化 | 倉庫業界のM&Aコラムで買い手の評価項目を整理。完全成功報酬を訴求 | 倉庫業の評価ポイントを整理しながら進めたい小〜中規模の会社 |
（参考）バトンズ | マッチングサイト | 「倉庫」カテゴリに売却案件137件（譲渡希望額10万円〜100億円）。冷凍・チルド関連の掲載例あり | 譲渡価額が数千万円規模で、まず相場感をつかみたい会社 |
（参考）事業承継・引継ぎ支援センター | 公的機関 | 全都道府県に設置、相談無料 | 地方の単独倉庫など小規模案件、仲介会社選びから相談したい会社 |
出典：日本M&Aセンター 倉庫・その他運輸関連サービス業界、ストライク SMART 物流・運送、M&Aベストパートナーズ 物流、M&A総合研究所 物流業界のM&A動向、インテグループ 料金、かえでFA 倉庫業界のM&A、バトンズ 倉庫の売却案件一覧（確認日 2026-09-13）
比較の前に知っておきたい前提が2つあります。
- 冷凍・冷蔵倉庫に限定した成約件数は、現時点でどの会社も公表していません。 「倉庫に強い」かどうかは、業種別ページや専門チームの有無、公開事例、そして面談時の担当者の理解度（冷媒・高圧ガス・倉庫業登録の話が通じるか）で判断するのが実務的です。
- 成約率の各社横並び比較は行いません。 分母（相談件数か受託件数か）の定義が各社で異なり、並べても意味のある数字にならないためです。
仲介会社選びの全体像は売り手向けM&A仲介会社おすすめ、トラック運送を主力とする会社は姉妹記事の運送・物流業のM&A仲介会社 おすすめもあわせてご覧ください。
手数料の比較｜設備・不動産を持つ冷蔵倉庫は「計算ベース」と「最低報酬額」で差が出る
冷蔵倉庫の売却で支払額に差が出るのは、料率そのものより「何に対して料率を掛けるか」と「最低報酬額」です。 主要各社の料率はほぼ同じレーマン方式（5億円以下5%〜100億円超1%）ですが、冷蔵倉庫は建物・冷凍設備の借入金が大きいため、負債を含む総資産ベースか、負債を除いた株価ベースかで金額が大きく変わります。
主要仲介会社の手数料一覧
仲介会社 | 着手金 | 中間金 | 成功報酬（レーマン料率） | 最低報酬額 | 料率を掛ける金額 |
|---|---|---|---|---|---|
日本M&Aセンター | あり（金額は公式ページに記載なし） | 記載なし | 5億円以下5%／5〜10億円4%／10〜50億円3%／50〜100億円2%／100億円超1% | 公式ページに記載なし | 移動総資産（時価総資産ベース） |
ストライク | 無料（企業価値算定〜基本合意交渉まで） | 基本合意報酬：資産総額10億円以下100万円／10〜50億円200万円／50億円超300万円 | 4億円以下の部分2,000万円（固定）／4〜5億円5%／5〜10億円4%／10〜50億円3%／50〜100億円2%／100億円超1%（消費税別） | 具体額の記載なし | オーナー受取額 |
M&A総合研究所 | 無料 | 無料（完全成功報酬制） | 5億円以下5%〜100億円超1%（同上の段階） | 2,500万円 | 譲渡価格（負債を除く） |
M&Aベストパートナーズ | 無料（月額報酬なし） | 基本合意時に250万円または成功報酬の10% | 5億円以下5%〜100億円超1%（同上の段階） | 公式ページに記載なし | 株式価値 |
インテグループ | 無料 | 無料（完全成功報酬制） | 5億円以下5%〜100億円超1%（同上の段階） | 1,500万円（税別） | 株価（負債を含まない） |
かえでFA | 無料と訴求（完全成功報酬制） | 未確認 | 未確認 | 未確認 | 未確認 |
出典：日本M&Aセンター 手数料、ストライク 料金体系、M&A総合研究所 手数料、M&Aベストパートナーズ 費用、インテグループ 料金、かえでFA（確認日 2026-09-13）。ストライクは過去に異なる料率表記が流通しており、改定の可能性があります。契約前に必ず公式の料金ページと見積書で最新の条件をご確認ください。
試算①：譲渡価額1.5億円の単独冷蔵倉庫
前提：株式の譲渡価額1.5億円、建物・冷凍設備の借入金など負債が3億円ある中小冷蔵倉庫（2026年に公表された成田冷蔵の取得価額1.5億円と同水準の規模感で設定）
料金体系の例 | 計算 | 成功報酬の目安 | 譲渡価額に対する割合 |
|---|---|---|---|
株価ベース・最低報酬1,500万円（インテグループの公式条件） | 1.5億円×5%＝750万円 → 最低報酬額が適用 | 1,500万円（税別） | 約10% |
譲渡価格ベース・最低報酬2,500万円（M&A総合研究所の公式条件） | 1.5億円×5%＝750万円 → 最低報酬額が適用 | 2,500万円 | 約16.7% |
オーナー受取額ベース（ストライクの公式表記） | 4億円以下の部分は2,000万円 ＋ 基本合意報酬100万円 | 2,100万円（税別） | 約14% |
移動総資産ベース（日本M&Aセンターの算定方式） | （1.5億円＋負債3億円）×5%＝2,250万円 ＋ 着手金 | 2,250万円＋着手金（最低報酬額は公式未記載） | 約15%＋着手金分 |
※料率表からの単純計算です。消費税、M&Aベストパートナーズ等の中間金、実際の資産評価額による違いは含みません。移動総資産は簡略化のため「株価＋負債」で近似しています。
この規模では、料率の差より「最低報酬額」と「計算ベース」がそのまま手数料の差になります。 同じ1.5億円の売却でも、相談先によって1,000万円前後の差が出る計算です。譲渡価額が1〜2億円に収まりそうな冷蔵倉庫は、仲介会社だけでなくマッチングサイトや事業承継・引継ぎ支援センターも並べて比べる価値があります。
試算②：譲渡価額10億円の低温物流会社
前提：株式の譲渡価額10億円、有利子負債10億円の低温物流会社
計算ベース | 計算 | 成功報酬の目安 |
|---|---|---|
株価ベース | 5億円×5%＋5億円×4%＝2,500万円＋2,000万円 | 4,500万円 |
移動総資産ベース（約20億円） | 2,500万円＋2,000万円＋10億円×3% | 7,500万円 |
※標準的なレーマン料率（5億円以下5%／5〜10億円4%／10〜50億円3%）による単純計算です。消費税・着手金・中間金は含まず、実際の金額は各社の見積書で確認してください。
規模が大きくなると最低報酬額の影響は薄れ、計算ベースの違いで3,000万円の差が出ます。冷蔵倉庫は設備投資の借入が膨らみやすい業種なので、初回相談の時点で「成功報酬は何の金額に掛けますか」「最低報酬額はいくらですか」と必ず確認してください。
レーマン方式の仕組みはレーマン方式とは、各社の料金体系の全体比較はM&A仲介会社 手数料比較ガイド、着手金を避けたい場合は完全成功報酬のM&A仲介会社、計算ベースや最低報酬の交渉余地はM&A仲介手数料の値引き交渉ガイドで詳しく整理しています。
各社の特徴と向き・不向き
手数料表だけでは決めきれません。 冷蔵倉庫の買い手は「庫腹」「冷媒」「築年数」「荷主契約」を細かく見るため、その論点を先回りして資料化できる担当者かどうかで、価格も交渉期間も変わります。公式情報で確認できる範囲で、各社の特徴を整理します。
日本M&Aセンター｜倉庫業の業種別ページと全国・海外の買い手網
「倉庫・その他運輸関連サービス業界」と「物流業界」の業種別ページを常設しています。倉庫業の市場規模を約4.1兆円（2023年）と紹介し、立地・設備・顧客関係・法令遵守をM&Aの評価ポイントとして整理しており、業界の見方は冷蔵倉庫にもそのまま当てはまります。公式サイトによると累計成約件数は10,000件超で、M&A仲介件数でギネス世界記録™に認定（2020〜2023年）されています。同社サイトのM&Aニュースでは、安田倉庫や川西倉庫など倉庫会社の直近の買収も紹介されています。
- おすすめの会社：売上数億〜数十億円規模で、大手低温物流・食品メーカー・海外企業まで含めて広く買い手を探したい会社
- 注意したい点：着手金があり、成功報酬は移動総資産ベース。借入金の大きい冷蔵倉庫では手数料が膨らみやすいため、見積書で総額を確認しましょう。最低報酬額は公式ページに記載がありません
出典：日本M&Aセンター 倉庫・その他運輸関連サービス業界、物流業界（確認日 2026-09-13）。詳しくは日本M&Aセンターとはをご覧ください。
ストライク｜物流専門チームと、基本合意まで無料の料金体系
案件サイト「SMART」の物流・運送カテゴリで倉庫・保管の案件も扱っており、物流専門チームへの相談窓口があります（公開案件12件、売上1〜5億円規模〜50億円超／確認日 2026-09-13）。公式ではDDの着眼点として「荷主構成と契約」「車両・施設」「許認可の法令遵守」を挙げています。企業価値算定から基本合意交渉までは無料で、成功報酬はオーナー受取額に対して計算します。
- おすすめの会社：負債を差し引いた受取額ベースで報酬を考えたい、会計事務所・地域金融機関経由の買い手も見たい中堅・中小
- 注意したい点：公式表記では「4億円以下の部分2,000万円（固定）」のため、譲渡価額が1〜2億円の案件では実質負担率が高くなります。基本合意報酬（100万〜300万円）も別途発生します
出典：ストライク SMART 物流・運送、料金体系（確認日 2026-09-13）。詳しくはストライクとはをご覧ください。
M&Aベストパートナーズ｜物流業特化の専門部門、冷凍物流の知見を発信
物流業に特化した専門ページを持ち、物流業に精通したアドバイザー1人が相談から成約まで一貫して担当する体制を公式に掲げています。公式サイトによると、本社（東京）と全国8支店、買い手候補ネットワーク約15,000社超、成約までの期間の目安は11〜14ヶ月です。2026年8月30日には「冷蔵・冷凍製品を取り扱う物流業を取り巻く環境」というコラムで、ドライバー確保・冷凍車両の取得・事業承継・垂直統合を低温物流M&Aの背景として解説しています。
- おすすめの会社：冷蔵倉庫と冷凍輸送を併営しており、保管と配送の両面を理解した担当に任せたい会社
- 注意したい点：基本合意時に中間金（250万円または成功報酬の10%）が発生します。最低報酬額と、冷蔵倉庫分野に限った成約件数は公式では確認できませんでした
出典：M&Aベストパートナーズ 物流、冷蔵・冷凍製品を取り扱う物流業を取り巻く環境（2026年8月30日）、費用（確認日 2026-09-13）
M&A総合研究所｜完全成功報酬、中規模以上で検討しやすい
物流業界のM&A動向コラム（2026年版）を公開しており、売り手は着手金・中間金なしの完全成功報酬制です。成功報酬は負債を除いた譲渡価格に料率を掛けます。
- おすすめの会社：譲渡価額が5億円前後以上見込め、成約まで費用を出したくない会社
- 注意したい点：最低報酬額が2,500万円と、本記事で最低報酬額を確認できた会社の中では最も高い水準です。譲渡価額1〜2億円の単独冷蔵倉庫では実質料率が12.5〜25%程度になります。冷蔵倉庫分野の実績件数は公表されていません
出典：M&A総合研究所 手数料（確認日 2026-09-13）。詳しくはM&A総合研究所とはをご覧ください。
インテグループ｜株価ベース・最低報酬1,500万円で費用が読みやすい
着手金・中間金なしの完全成功報酬制で、成功報酬は株価（負債を含まない）に料率を掛けると公式に明示しています。最低報酬額は1,500万円（税別）で、売り手・買い手とも同じ料金体系です。
- おすすめの会社：冷凍設備や建物の借入金が大きく、手数料の総額を事前に読みやすくしたい中堅・中小
- 注意したい点：本記事の調査範囲では、倉庫業・冷凍冷蔵分野の専用ページや成約事例は確認できませんでした。面談時に同業態の支援経験を確認してください
出典：インテグループ 料金（確認日 2026-09-13）
かえでファイナンシャルアドバイザリー｜倉庫業の評価項目を整理
倉庫業界のM&Aコラムで、買い手が評価する要素として「倉庫業法への適合性」「デジタル化」「従業員定着率」「坪当たり収益性」「クレーム対応履歴」を挙げています。完全成功報酬制と支援実績400件超を公式に訴求しています。
- おすすめの会社：自社倉庫の強み・弱みを評価項目に沿って整理してから売却を進めたい小〜中規模の会社
- 注意したい点：料率・最低報酬額は本記事の調査範囲では確認できませんでした。見積もりで必ず確認を
出典：かえでFA 倉庫業界のM&A（確認日 2026-09-13）
バトンズ・事業承継・引継ぎ支援センター｜小規模案件の比較先
バトンズの「倉庫」カテゴリには売却案件が137件掲載され、福島県のチルド・冷凍輸送＋24時間倉庫（譲渡希望額1億3,500万円）、東北の食品物流（2,000万円）、大阪の冷蔵輸送（1,000万円）などの掲載例があります（確認日 2026-09-13）。自社に近い案件の希望額を見るだけでも相場感の参考になります。
事業承継・引継ぎ支援センターは国の事業として各都道府県に設置され、相談は無料です。仲介会社の最低報酬額が重く感じる規模の会社は、まずここで選択肢を整理するのが現実的です。
- おすすめの会社：譲渡価額が数千万〜1億円程度の見込みで、仲介会社の最低報酬額が負担になる会社
- 注意したい点：マッチングサイトは自分で交渉や資料準備を進める場面が増えます。冷凍設備や倉庫業登録の論点は、別途専門家の支援を検討してください
詳しくはバトンズとは、事業承継・引継ぎ支援センターとはをご覧ください。
規模別・状況別のおすすめ相談先
相談先は「譲渡価額の見込み」と「保管のみか、配送も併営か」で絞れます。 以下は公式の料金体系と対応体制から整理した目安です。
会社の規模・状況 | 主な相談先 | 選ぶ理由 |
|---|---|---|
単独の冷蔵倉庫・譲渡価額1億円未満の見込み | 事業承継・引継ぎ支援センター、バトンズ | 仲介会社の最低報酬額（1,500万〜2,500万円）が譲渡価額に対して重すぎる |
冷蔵倉庫1〜数拠点・譲渡価額1〜3億円 | インテグループ、ストライク、M&Aベストパートナーズ ＋ 公的センター | 最低報酬額と計算ベースで総額を比べる。複数社の見積もりが必須 |
保管＋冷凍配送を併営・売上数億〜十数億円 | M&Aベストパートナーズ、ストライク、日本M&Aセンター | 物流専門部門・チームの知見と、低温物流会社・荷主側の買い手網が活きる |
複数拠点の低温物流会社・譲渡価額5億円超 | 日本M&Aセンター、ストライク、M&A総合研究所 | 大手低温物流・海外企業まで含めた買い手探索。計算ベースの差が金額に効く |
倉庫不動産を手元に残して運営会社だけ売りたい | 複数の仲介会社＋税理士 | スキーム設計と税務の検討が先。仲介会社の提案力を比較する |
- 上記は目安です。財務内容・立地・設備の状態によって適した相手は変わるため、2〜3社に相談して提案内容と見積もりを比べるのが安全です。
- 仲介会社を選ぶ際は、中小企業庁のM&A支援機関登録制度に登録しているかも確認しましょう。国の事業承継・M&A補助金（専門家活用枠）では、原則として登録支援機関の費用が補助対象になります（出典：中小企業庁 中小M&Aガイドライン／確認日 2026-09-13。補助金の要件は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領をご確認ください）。
地方で相談先を探している場合は地方に強いM&A仲介会社、冷凍食品の製造・加工も手がける会社は食品業界のM&A仲介会社、補助金の概要は事業承継・M&A補助金も参考になります。
冷凍・冷蔵倉庫のM&Aが増えている背景（2026年時点）
需要は伸びている一方で、中小の冷蔵倉庫は老朽化・冷媒転換・人手不足の負担が重く、大手への集約が進んでいます。 売り手にとっては「設備投資が必要になる前に、需要が強いうちに売る」という判断が現実味を帯びている状況です。
項目 | 数値 | 時点・出典 |
|---|---|---|
冷凍冷蔵倉庫の所管容積（全国） | 約3,700万㎥ | 2023年12月時点／DBJ Research No.438（国交省「倉庫統計季報」より） |
築40年以上の冷凍冷蔵倉庫 | 約3割 | 日本経済研究所調べ（DBJ Research No.438） |
冷蔵能力に占める大規模事業者（1万トン以上）の割合 | 約7割 | 2023年／DBJ（日本冷蔵倉庫協会データより） |
日本冷蔵倉庫協会の会員事業所数 | 1,188事業所。会員の9割超が資本金5,000万円未満 | 2023年3月末／協会理事長インタビュー |
フロンを使用している会員事業所 | 約半数 | 協会2026年度事業計画の報道（2026年4月） |
自然冷媒化の補助金 | 2026年度も70億円を確保 | 同上 |
冷凍冷蔵倉庫の賃料水準 | 常温倉庫の約2倍 | DBJ Research No.438 |
出典：DBJ Research No.438「賃貸型冷凍冷蔵倉庫への期待と課題」（2025年10月31日）、LNEWS 日本冷蔵倉庫協会 2026年度事業計画（2026年4月16日）、CRE倉庫検索 日本冷蔵倉庫協会理事長インタビュー（2023年12月5日）（確認日 2026-09-13）。数値ごとに時点が異なる点にご注意ください。
主な背景は次の4つです。
- 需要の拡大：家庭用冷凍食品の市場規模は1兆2,472億円（2023年、過去最高／日本冷凍食品協会データ、DBJ Research No.438より）。食品EC・カット野菜など温度管理が必要な商材が増え、大都市圏では2026年時点でも庫腹不足が続いていると日本冷蔵倉庫協会の事業計画で報じられています（LNEWS、2026年4月）
- 老朽化と建て替え費用：築40年以上が約3割。建築費の上昇で、中小事業者が自力で建て替えるハードルが上がっています
- 冷媒転換の負担：特定フロン（HCFC・R22など）は国内生産が全廃済みで、補充用冷媒の確保が難しくなっています（出典：みなと新聞）。約半数の事業所がまだフロンを使っており、自然冷媒への転換投資が経営課題です
- 人手不足と後継者不在：低温環境での作業は人材確保が難しく、中小の冷蔵倉庫会社では後継者不在も重なっています
「建て替え・賃貸型へ移転・売却」の三択で考える
中小の冷蔵倉庫オーナーが直面しているのは、実質的に次の三択です。日本GLPや霞ヶ関キャピタルなど大手デベロッパーによる賃貸型（マルチテナント型）冷凍冷蔵倉庫の開発が広がり、「自社で持たない」選択肢も現実的になりました（DBJ Research No.438）。
選択肢 | 向いているケース | 主な負担・リスク |
|---|---|---|
自社で建て替え・冷媒転換 | 後継者がいて、立地が良く、補助金・税制特例を活用できる | 数億〜数十億円規模の投資と借入。回収期間が長い |
賃貸型倉庫へ移転し運営に集中 | 荷主基盤が強く、保管・物流運営そのものに競争力がある | 賃料負担（常温の約2倍の水準）。自社倉庫の土地・建物の処分が必要 |
会社・事業を売却 | 後継者不在、または大規模投資の前に経営を引き継ぎたい | 仲介手数料、条件交渉。設備の状態が価格に直接反映される |
売却を選ぶなら、大規模な設備投資を決める前に一度、評価額を把握しておくのが合理的です。建て替え後に売るのか、現状のまま売るのかで、買い手の見方と価格は大きく変わります。
物流業界全体の動向は物流業界のM&A 2026年で整理しています。
冷凍・冷蔵倉庫の売却で仲介会社を選ぶ5つのポイント
一般的な選び方に、「冷凍設備」と「倉庫不動産」を理解しているかという視点を加えるのがポイントです。 面談でそのまま使える確認質問も添えます。
- 倉庫・低温物流の支援体制があるか
業種別ページや物流専門チームの有無に加え、担当者が「所管容積」「冷蔵能力」「F級・C級の温度帯」「寄託契約」といった言葉で会話できるかを確認します。
- 確認質問：「保管型の冷蔵倉庫、または低温物流会社の支援経験はありますか。どんな買い手に譲渡しましたか」
- 成功報酬の計算ベースと最低報酬額が明確か
前述のとおり、冷蔵倉庫は計算ベースで数千万円の差が出ます。
- 確認質問：「料率は何の金額に掛けますか」「最低報酬額と、中間金・着手金を含めた総額の見込みはいくらですか」
- 冷凍設備・不動産を価格に反映する提案ができるか
土地の含み益、港湾地区の借地・占用許可の制約、冷凍機の残存耐用年数、自然冷媒への転換済みか否かを、価格の説明に組み込めるかどうかが重要です。
- 確認質問：「当社の冷媒の種類や築年数は、価格にどう影響すると見ていますか」
- スキーム（株式譲渡・事業譲渡・会社分割）を倉庫業登録や補助金まで踏まえて提案できるか
倉庫不動産をオーナー側に残して運営会社だけ売る方法なども含め、選択肢を示せるかを見ます。
- 確認質問：「倉庫業登録や補助金の扱いを踏まえると、どのスキームが考えられますか」
- 買い手の顔ぶれを具体的に示せるか
冷蔵倉庫の買い手は、大手低温物流・総合物流、エリアを広げたい倉庫会社、サプライチェーンを内製化したい食品・配食会社、不動産価値に注目する投資会社などに分かれます。どの層にアプローチするかで、評価される点が変わります。
仲介会社選びの基本は売り手向けM&A仲介会社おすすめをご覧ください。
売却前に整えておきたい7つのチェック項目
冷蔵倉庫のDDでは、設備と法令対応の記録がそろっているかで減額の幅が変わります。 仲介会社に相談する前、または並行して、次の書類と状況を確認しておきましょう。
1. 倉庫業登録の承継方法
倉庫業登録は、選ぶスキームによって手続きが変わります。
スキーム | 倉庫業登録の扱い（国土交通省資料より） |
|---|---|
株式譲渡 | 法人格が変わらないため登録は維持される。役員変更などの届出が必要になる場合がある |
事業譲渡・合併・分割 | 登録の承継が可能。一般の倉庫は事後の届出（30日以内）、倉荷証券を発行する発券倉庫は事前の認可が必要 |
事業譲渡の注意点 | 倉庫施設と営業をセットで譲渡する必要がある。「建物だけ」「1棟の一部フロアだけ」の譲渡は不可（複数倉庫のうち倉庫単位での譲渡は可） |
出典：国土交通省 倉庫業法、倉庫業法施行規則等運用方針（確認日 2026-09-13）。届出の要否・期限は個別の状況で異なるため、所管の地方運輸局や行政書士に確認してください。
2. フロン排出抑制法の点検記録
業務用冷凍冷蔵機器の所有者は「第一種特定製品の管理者」として、全機器で3ヶ月に1回以上の簡易点検、圧縮機の定格出力7.5kW以上の機器は有資格者による定期点検を行い、点検記録を機器の廃棄時まで保存する義務があります（出典：環境省 フロン排出抑制法 管理者の運用の手引き 第3版、確認日 2026-09-13）。記録の欠落は、買い手から見て法令違反リスクとして扱われます。
3. 冷媒の種類と転換計画
特定フロン（R22など）を使い続けている設備は、補充冷媒の確保難と将来の転換費用が減額要因になりやすく、自然冷媒への転換が済んでいれば加点要因になります。転換済みか、転換計画と見積もりがあるかを整理しておくと、交渉で説明しやすくなります。
4. 高圧ガス保安法の許可・届出と保安責任者
冷凍設備は、冷媒の種類と法定冷凍能力によって規制が変わります。たとえば、不活性のフルオロカーボンやCO2は法定冷凍能力50トン以上で許可、アンモニアなど（非ユニット型）は20トン以上で許可・冷凍保安責任者の選任が必要になる、といった区分があります（出典：愛知県 高圧ガス製造許可申請（冷凍則）ほか、確認日 2026-09-13）。区分は細かいため、自社設備の許可・届出と保安責任者の選任状況を都道府県の手引きや専門家に確認しておきましょう。
5. 補助金を受けた設備の財産処分・返還
環境省の自然冷媒機器導入補助（令和8年度「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」など）を受けた設備は、事業譲渡や設備の売却で財産処分の承認や補助金の返還が必要になる可能性があります。株式譲渡か事業譲渡かで扱いが変わることもあるため、執行団体（日本冷媒・環境保全機構）に事前に確認してください（出典：環境省 自然冷媒普及促進サイト、確認日 2026-09-13）。
詳しくは会社売却時の補助金返還ガイドをご覧ください。
6. 建物の状態・環境リスクと港湾借地
古い冷蔵倉庫では、アスベスト含有建材、PCB含有機器、断熱パネルの劣化、土壌汚染がDDで確認されます。港湾地区に立地する倉庫は、借地契約や占用許可を買い手に引き継げるかが価格と建て替え計画に直結します。修繕履歴や調査結果があれば、まとめておきましょう。
M&Aの環境デューデリジェンス（土壌汚染・アスベスト）で確認ポイントを解説しています。
7. 荷主との寄託契約・料金改定と労務
荷主ごとの売上構成、寄託契約の期間と解約条件、電気料金の上昇分を料金に転嫁できているか、未払残業代の有無は、どの買い手も確認します。事業譲渡の場合は寄託中の荷主の在庫の扱いと荷主の同意も論点になります。
改正物流効率化法（2026年4月施行）では、貨物の保管量が70万トン以上の倉庫業者が「特定倉庫業者」として中長期計画の作成・定期報告の対象になります（出典：経済産業省 改正物流効率化法、確認日 2026-09-13）。中小の冷蔵倉庫はほぼ対象外ですが、大手荷主から荷待ち削減やデータ連携を求められる流れは、買い手の関心事になっています。
倉庫業登録・高圧ガス・フロン・補助金・税務の最終判断は、行政書士・弁護士・税理士・冷凍設備の専門家にご相談ください。 本記事は一般的な情報の整理であり、個別の案件への適用を保証するものではありません。
許認可ごとの承継可否はM&Aでの許認可の承継ガイド、スキームの違いは株式譲渡と事業譲渡の違いと会社分割とはで解説しています。
売却価格の考え方と2026年の取引事例
中小の冷蔵倉庫の価格は、「時価純資産＋営業利益の数年分」を出発点に、土地・建物の時価、設備の残り寿命、冷媒転換コストで上下に調整するのが一般的な考え方です。 設備と不動産の比重が大きいため、利益だけで算定する方法では実態を説明しきれない点が、他の業種との違いです。
価格を上げやすい要素と下げやすい要素は次のとおりです。
上げやすい要素 | 下げやすい要素 |
|---|---|
港湾・大消費地に近い立地、土地の含み益 | 築年数が古く、建て替えが近い |
自然冷媒への転換済み、冷凍機が新しい | 特定フロン（R22等）を使用し、転換計画がない |
大手荷主との長期契約、料金改定の実績 | 荷主が1〜2社に集中、電気料金を転嫁できていない |
フロン点検記録・高圧ガス許可が整備済み | 点検記録の欠落、アスベスト・土壌汚染の懸念 |
冷凍配送・製氷など複数の収益源 | 港湾借地の承継に制約がある、人手不足で稼働を落としている |
2026年に公表された主な事例
公表時期 | 内容 | 規模 |
|---|---|---|
2026年6月 | シルバーライフ（東証 9262）が成田冷蔵（名古屋市港区）の全株式を取得。成田冷蔵は製氷・冷蔵倉庫・冷凍食品販売・不動産賃貸を営む。配食事業の冷凍食品保管・物流の強化が目的 | 取得価額1億5,000万円。成田冷蔵の2026年2月期は売上高1億300万円、営業利益1,120万円、純資産9,020万円 |
2026年5月 | センコーグループHDがUmiosロジ（全国に冷蔵倉庫・物流拠点）の株式51%を取得すると公表（公表時点の実行予定日は2026年9月1日。実行完了の開示は本記事では未確認） | 取得価額48.9億円。Umiosロジの2025年度売上高253億5,200万円 |
2026年4月 | エスネットワークス（経営コンサルティング）が冷凍冷蔵物流のサンワロジ（大阪）を子会社化 | 非公表 |
出典：M&A Online シルバーライフ×成田冷蔵（2026年6月15日）、LNEWS センコーGHD×Umiosロジ（2026年5月11日）、LNEWS サンワロジ（2026年4月6日）（確認日 2026-09-13）
成田冷蔵の事例を単純計算すると、取得価額1.5億円は「純資産9,020万円＋営業利益1,120万円の約5.3年分」に相当します。ただしこれは1件の公表値からの計算で、冷蔵倉庫の相場を示すものではありません。 土地の評価や設備の状態、買い手にとってのシナジー（この事例では配食事業の冷凍保管）によって、同じ利益水準でも価格は大きく変わります。
買い手の顔ぶれも広がっています。2024年にはSGホールディングスが名糖運輸・ヒューテックノオリンを傘下に持つC&FロジホールディングスをTOBで子会社化しており（出典：LNEWS（2024年7月16日））、大手の低温物流網づくりに加え、食品・配食会社や投資・コンサル系企業による取得も見られます。
自社の価格の出し方はM&Aの企業価値評価ガイド、倉庫不動産を切り離して売る選択肢は遊休不動産がある会社の売却で解説しています。具体的な価格・税額の算定は、税理士やM&Aアドバイザーへの相談が前提です。
売却を前向きに検討したい会社・急がなくてよい会社
次のいずれかに当てはまる冷凍・冷蔵倉庫会社は、早めに評価額を確認しておく価値があります。
- 後継者がおらず、廃業か売却かを決めかねている
- 冷凍機の更新や自然冷媒への転換など、数億円規模の投資判断が数年以内に迫っている
- 築40年前後で、建て替えるか・賃貸型へ移るかを検討している
- 大都市圏や港湾部の好立地にあり、庫腹不足で需要が強いうちに条件を比べたい
- 従業員の雇用と荷主との取引を、体力のある企業のもとで続けたい
一方で、次のような場合は急いで決めない方がよいこともあります。
- 自然冷媒への転換や補助金を使った設備更新の途中で、完了すれば評価が上がる見込みがある（補助金の財産処分制限にも注意）
- 親族や社内に承継候補がいて、育成を優先したい
- 大口荷主との契約更新や料金改定の交渉が控えており、結果が企業価値を左右する
どちらの場合も、2〜3社の仲介会社や公的センターに相談し、評価額と選択肢を把握してから判断するのが、後悔を避ける近道です。
よくある質問（FAQ）
Q. 冷蔵倉庫の土地・建物はオーナー個人が持っていて、会社は賃借しています。この場合も売却できますか？
A. 売却は可能ですが、スキームの選び方が変わります。不動産も一緒に売るのか、オーナーが保有を続けて買い手に貸すのか（賃料収入が残る）で、買い手の評価と税負担が異なります。賃貸を続ける場合は、賃料水準や契約期間が交渉の論点になります。税務の影響が大きいため、税理士への相談を前提に検討してください。
Q. 冷凍機が古く、近く更新が必要です。更新してから売った方が高くなりますか？
A. 一概には言えません。更新すれば減額要因は減りますが、投資額がそのまま価格に上乗せされるとは限らず、補助金を使った場合は売却時の財産処分制限がかかる可能性もあります。更新の見積もりを取ったうえで、「更新前に売る場合」「更新後に売る場合」の評価を仲介会社に比較してもらうのが現実的です。
Q. 冷蔵倉庫のM&Aは、成約までどのくらいかかりますか？
A. 一般的には半年〜1年以上です。M&Aベストパートナーズは成約までの目安を11〜14ヶ月と公表しています。冷蔵倉庫はDDで設備・環境・許認可の確認項目が多いため、点検記録や契約書を事前にそろえておくと期間を短縮しやすくなります。
Q. 赤字や債務超過の冷蔵倉庫でも買い手はつきますか？
A. 立地や庫腹そのものに価値があれば、買い手がつく可能性はあります。大都市圏では庫腹不足が続いており、倉庫を新設するより既存の倉庫を取得する方が早いと考える買い手もいるためです。ただし価格は不動産・設備の評価次第で、借入金の扱いや個人保証の解除が交渉の中心になります。詳しくは赤字・債務超過会社の売却ガイドもご覧ください。
Q. 荷主に売却を知られずに進められますか？
A. 仲介会社は通常、社名を伏せた資料で買い手を探し、秘密保持契約を結んだ相手にだけ詳細を開示します。ただし、事業譲渡で寄託契約を移す場合や、買い手が主要荷主との関係を確認したい場合は、最終段階で荷主への説明が必要になります。伝える時期と方法は、仲介会社と事前に決めておきましょう。
まとめ：計算ベースと設備の論点を押さえて2〜3社を比べる
冷凍・冷蔵倉庫・物流施設業の売却で仲介会社を選ぶときは、①倉庫・低温物流の支援体制、②成功報酬の計算ベースと最低報酬額、③冷凍設備・不動産を価格に反映する提案力の3点で比較しましょう。
- 全国・海外まで幅広く買い手を探したい中堅以上：日本M&Aセンター
- 基本合意まで無料、受取額ベースで考えたい：ストライク
- 保管と冷凍配送を併営し、物流に詳しい担当に任せたい：M&Aベストパートナーズ
- 完全成功報酬で、譲渡価額が数億円以上見込める：M&A総合研究所
- 借入金が大きく、株価ベースで手数料を読みたい：インテグループ
- 譲渡価額が1億円未満の見込み：事業承継・引継ぎ支援センター、バトンズ
手数料や実績の数値は改定・更新されるため、最終的には各社の公式ページと見積書で確認してください。倉庫業登録・高圧ガス・フロン・補助金・税務の判断は、行政書士・弁護士・税理士などの専門家への相談をおすすめします。
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