株式譲渡型のM&Aでは、売り手側の旧役員（代表取締役・取締役）はクロージング（決済）日付の辞任届で辞任し、その直後に新株主である買い手が臨時株主総会で新役員を選任するのが標準的な流れです。辞任の効力は本人の意思表示が会社に到達した時点で生じ、株主総会の決議は不要です（出典: GVA法人登記、確認日2026-06-27）。
ただし「決済の瞬間に代表取締役が辞任してしまうと、直後の臨時株主総会の議長が不在になる」という実務上の落とし穴があるため、辞任の効力時点は慎重に設計する必要があります。
この記事でわかること:
- 代表取締役・取締役がM&Aでいつ辞任するのか（タイミングと効力発生時点）
- 辞任届・臨時株主総会・変更登記の手続きと必要書類
- 役員退職金スキームと「退職実態」の税務要件
- 連帯保証（経営者保証）解除と辞任タイミングの関係
- クロージング日を起点とした逆算タイムライン
会社の売却（株式譲渡）を進めているオーナー社長・代表取締役で、自分や身内・既存役員がいつ・どう辞任し、登記・退職金・連帯保証がどう動くのかを把握したい方に向けた実務ガイドです。
本記事の税務・法務に関する記述は一般的な目安です。役員退職金の損金算入や退職所得課税の適用可否、連帯保証の解除条件は個別事情で大きく変わります。実際の判断は必ず税理士・弁護士・司法書士などの専門家にご相談ください。
結論：辞任は「決済と同時」、ただし効力時点は新代表選任に合わせる
先に要点を3つにまとめます。
- 辞任のタイミングは原則クロージング（株式譲渡の決済）と同時。 売主の旧役員は決済日付の辞任届を引き渡し、同日に買い手が新役員を選任します。
- 代表取締役の辞任の効力時点は、新代表が選任される総会・取締役会の終結時に合わせて設計する。 決済の瞬間に代表が抜けると総会の議長が不在になり、手続きが滞るためです。
- 辞任と「登記・退職金・連帯保証解除」はワンセット。 変更登記は辞任から2週間以内、退職金は株主総会決議が必要、連帯保証は自動では切り替わらず別途解除手続きが必要です。
売り手の経営者は「即時に完全退任したい」、買い手は「円滑な引継ぎのため一定期間残ってほしい」と考える傾向があり、ここは最終契約（DA）での交渉論点になります。後述するロックアップ（残留）期間と退職金スキームをセットで設計するのが、売り手にとって有利な進め方です。
関連記事として、決済当日の全体像は「M&A クロージングとは 手続き・流れ」、売却プロセス全体は「M&A 売却 流れ」で詳しく解説しています。
M&Aで役員はどうなる？「辞任・任期満了・解任」の違い
役員が会社を離れる「退任」には、①任期満了、②辞任、③解任の3類型があります。M&Aの売り手オーナーは通常「辞任（辞任届の提出）」で処理されるのが一般的です。
退任の類型 | 内容 | M&Aでの典型 |
|---|---|---|
辞任 | 役員本人の意思で辞める。辞任届を会社に提出 | 売り手オーナー・既存役員の標準的な抜け方 |
任期満了 | 定款・選任時に定めた任期が満了して退任 | タイミングが合えば利用するが、決済日に合わせにくい |
解任 | 株主総会決議で役員を辞めさせる | 通常は使わない（残留拒否・トラブル時の例外的手段） |
辞任が選ばれる理由は、決済日というピンポイントの日付に効力を合わせやすい点にあります。任期満了は日付を決済に合わせにくく、解任は株主総会の特別な手続きが必要で角も立つため、円満なM&Aではほとんど使われません。
なお株式譲渡の場合、役員以外の従業員の雇用は原則そのまま買い手に引き継がれます。辞任が問題になるのは経営に関与していた役員（オーナー・配偶者や親族の取締役など）です。身内役員も同じタイミングで辞任するのか、登記上どう扱うのかは事前に整理しておきましょう。
代表取締役・取締役はいつ辞任できる？効力発生のタイミング
辞任の効力は、取締役本人の辞任の意思表示が会社に到達した時点で発生します。株主総会の承認決議は不要です（出典: GVA法人登記、確認日2026-06-27）。理屈の上では、売主は決済と同時に辞任できることになります。
ところが実務では、ここに注意点があります。株式譲渡の決済が実行されると、買い手が新しい株主になり、その場で臨時株主総会を開いて新役員を選任します。もし代表取締役が決済の瞬間に辞任の効力を発生させてしまうと、直後の臨時株主総会で議長を務める者がいなくなるのです（出典: 豊中司法書士ふじた事務所、確認日2026-06-27）。
そのため実務では、辞任届の日付は決済日にしつつ、「新代表取締役の選任が完了する時点（同日中の株主総会・取締役会の終結時）」に辞任の効力を合わせる形で設計するのが一般的です。クロージング当日は、おおむね次の順序で一連の手続きが連続して行われます。
- 株式譲渡の決済実行（株主が買い手に交代）
- 新株主による臨時株主総会で新取締役を選任
- （取締役会設置会社の場合）直後の取締役会で新代表取締役を選定
- 旧役員の辞任の効力発生・就任承諾
「権利義務取締役」に注意：抜けたつもりで抜けられないケース
辞任により会社法上の役員定数（取締役会設置会社なら取締役3名以上など）を欠いてしまう場合、後任が就任するまで辞任した本人が引き続き役員としての権利義務を負い続けます（権利義務取締役、出典: GVA法人登記、確認日2026-06-27）。
M&Aでは同日に新役員が就任するため通常は問題になりませんが、買い手側の新役員選任の準備が整っていないと、売り手が「辞めたのに抜けられない」状態に陥ります。買い手が当日に必要な役員候補・就任承諾書を揃えているかを、クロージング前に必ず確認しておきましょう。
辞任届・臨時株主総会・変更登記の手続きと必要書類
クロージング当日の役員変更は、辞任届の引き渡し → 新役員の選任 → 変更登記の流れで進みます。通常は司法書士が決済に同席し、書類を預かってその場で登記申請を代行します（出典: 豊中司法書士ふじた事務所、マネーフォワードクラウド、確認日2026-06-27）。
項目 | 内容 |
|---|---|
旧役員の辞任 | 決済日付の辞任届を売主が決済時に引き渡す |
代表取締役の押印 | 会社実印で押印、または個人実印＋印鑑証明書を添付 |
新役員の選任 | 決済実行直後、新株主（買い手）による臨時株主総会で選任、同日に就任承諾 |
新代表の選定 | 取締役会設置会社は直後の取締役会で、非設置会社は株主総会または互選で選定 |
登記期限 | 辞任・就任から2週間以内に法務局へ変更登記を申請（辞任日の翌日起算） |
登録免許税 | 役員変更登記は1万円（資本金1億円超は3万円） |
違反時 | 期限内に登記を怠ると過料の対象になりうる |
辞任届に書く項目（チェックリスト）
辞任届に決まった書式はなく、Word等で作成できます（出典: GVA法人登記、確認日2026-06-27）。記載しておくべき項目は次の通りです。
- 辞任する年月日（＝決済日に合わせる）
- 辞任する役員の氏名・住所・押印
- 会社の商号
- 辞任届の作成年月日
- 辞任の対象となる役職（取締役／代表取締役など）
通常の取締役の辞任は認印で足りますが、代表取締役が辞任する場合は会社実印での押印、または個人実印＋印鑑証明書の添付が必要になるケースがあります。誰がどの押印・証明書を用意するのかは、司法書士と事前に詰めておくとクロージング当日に慌てません。
売り手が当日までに用意・確認しておくこと
- 旧役員（自分・身内役員）全員分の辞任届と押印・印鑑証明書
- 代表取締役個人の印鑑証明書（取得後3ヶ月以内など期限に注意）
- 新役員の選任に必要な書類は買い手が準備しているかの確認
- 登記を代行する司法書士の決済同席の段取り
変更登記は専門的なため、多くのケースで司法書士が代行します。売り手側で個別に登記する必要は基本的にありませんが、辞任届や印鑑証明書など「売主しか用意できない書類」は自分の責任範囲として漏れなく準備しましょう。
即時退任か、引継ぎで残留（ロックアップ）か
売り手経営者が「いつまで会社に関与するか」は、買い手との重要な交渉論点です。大きく3つのパターンがあります（出典: シェルパ・キャピタル・アドバイザリー、M&Aナビ、クレジオ・パートナーズ、fundbook、確認日2026-06-27）。
パターン | 内容 | 補足 |
|---|---|---|
即時退任 | 株式譲渡（クロージング）と同時に辞任 | 契約で事前合意。買い手は引継ぎ不足を懸念しがち |
引継ぎ期間あり（ロックアップ） | 一定期間は役員・顧問等として残留 | 半年〜1年程度が大半。事例では1ヶ月〜3〜5年と幅がある |
役職を変えて残留 | 会長・相談役・顧問などで対外信用を維持 | 引継ぎのみの場合の報酬は月額10〜30万円が一般的 |
売り手は早く完全に退任したいと考える一方、買い手は取引先や従業員の動揺を抑え、ノウハウを引き継ぐために一定期間の残留（ロックアップ）を求める傾向があります。「役員として残るのか／顧問契約で残るのか／完全退任するのか」で、登記・税務・連帯保証の扱いがすべて変わります。曖昧にせず、最終契約（DA）で残留形態・期間・報酬を明文化しておくことが重要です。
ロックアップの仕組みと売り手への制約については「M&A ロックアップ条項とは」で詳しく解説しています。
役員退職金スキームと「退職実態」の税務要件
辞任のタイミングは、役員退職金（退職慰労金）の受け取り方と直結する重要論点です。株式譲渡対価の一部を役員退職金として受け取ると、退職所得課税（分離課税・退職所得控除・1/2課税）により、譲渡所得課税よりも手取りが有利になる場合があります（出典: 日本M&Aセンター、M&Aナビ、確認日2026-06-27）。
役員退職金の計算は、一般的に次の式が目安とされます。
最終報酬月額 × 在任年数 × 功績倍率
功績倍率の一般的な目安は、社長3.0／専務2.5／平取締役2.0程度とされています（いずれも二次ソースによる目安、確認日2026-06-27）。支給には定款の規定または株主総会の決議が必要です（会社法361条等）。
「形だけ残る」と退職金が否認されるリスク
注意したいのは、退任後も会社に残る場合の税務上の取り扱いです。退職金が「退職所得」として認められるには、実質的な退職の実態が必要です。国税庁の通達ベースでは、次のような状態が退職実態の目安とされています（出典: M&Aナビ、確認日2026-06-27）。
- 常勤から非常勤になっている
- 取締役から監査役などに変わっている
- 給与（報酬）が概ね50%以上減少している
これらの実態がなく「形だけ役員に残る」と、退職金が退職所得と認められず、損金不算入になる・課税が重くなるリスクがあります。引継ぎのために残る場合は、報酬水準や肩書きを退職実態が認められる形に設計する必要があります。
また、過大な役員退職金は損金算入が否認されます。退職金支給による現金流出が買収後の会社の資金繰りに影響する点も、買い手との交渉で論点になります。
役員退職金の損金算入の可否、退職所得控除・1/2課税の適用、退職実態の判定は個別事情で結論が変わります。スキームの設計は必ず税理士に相談してください。 事業承継・売却時の税金全般は「事業承継 税金 節税」も参考になります。
連帯保証（経営者保証）は辞任しても自動では消えない
役員を辞任しても、会社の借入に付けた連帯保証（経営者保証）や担保は、株式譲渡だけでは自動的に買い手へ切り替わりません。金融機関との間で別途、保証解除の手続きを行う必要があり、それが完了するまで旧オーナーはリスクを負い続けます（出典: M&Aナビ、M&Aキャピタルパートナーズ、確認日2026-06-27）。
つまり「役員は退任した、株も売った、でも連帯保証だけ自分に残っている」という事態が起こり得ます。これを防ぐため、最終契約書に「買い手は取引実行日後、速やかに売り手経営者の連帯保証を解除する」旨を明記しておくことが重要です。
2025年1月から業界ルールで保証解除が義務化
この点について、M&A仲介協会は、契約書で売り手経営者の連帯保証解除を買い手に義務付ける業界ルールを2025年1月から導入しています（出典: 日本経済新聞、確認日2026-06-27）。役員を退任した売り手が保証だけ残されるリスクは、業界としても問題視され、保護が強化されてきています。
理想的なのは、事業承継・M&Aの実行前、または最終契約と同時に保証を解除することです。ただし解除の具体的な時期（「速やかに」「2週間以内」など）は契約や金融機関の対応によって異なるため、辞任・決済のスケジュールと合わせて早い段階から金融機関と調整しておきましょう。
連帯保証の解除手続きの詳細は「会社売却 個人保証・連帯保証 解除方法」で解説しています。
クロージング日を起点とした逆算タイムライン
辞任・登記・退職金・連帯保証は、それぞれ動くタイミングが異なります。クロージング（決済）日を「D-day」として、前後で何が動くかを一枚に整理しました。
時期 | やること | 担当・ポイント |
|---|---|---|
D-dayの数ヶ月前 | 連帯保証解除の方針を金融機関と調整開始 | 早いほど安全。契約に解除義務を盛り込む |
D-dayの前 | 役員退職金の支給決議（定款規定 or 株主総会）を準備 | 税理士と退職金額・退職実態を設計 |
D-dayの前 | 辞任届・印鑑証明書・新役員選任書類を準備 | 売主は自分と身内役員分の書類を用意 |
D-day（決済） | 株式譲渡決済 → 新役員選任 → 旧役員辞任の効力発生 | 司法書士が同席し書類を回収 |
D-day〜2週間以内 | 役員変更登記を法務局へ申請 | 司法書士が代行。登録免許税1万円〜 |
D-day前後 | 連帯保証の解除手続き完了 | 完了まで旧オーナーがリスクを負う |
D-day後（残留時） | ロックアップ期間中は顧問・役員として引継ぎ | 退職実態が崩れない報酬・肩書きに注意 |
このタイムラインを早い段階で関係者（仲介会社・司法書士・税理士・金融機関）と共有しておくと、当日の手続き漏れや「辞任したのに保証が残った」といったトラブルを防げます。
辞任タイミングはこう判断する：向いている進め方・避けたい進め方
役員辞任の進め方は、会社の状況や買い手との関係によって最適解が変わります。判断の目安を整理します。
即時退任が向いているケース
- 後継者・幹部が育っており、自分が抜けても事業が回る
- 健康上の理由などで早期にリタイアしたい
- 買い手が引継ぎ体制を自前で持っている
- 退職金スキームで完全退職の実態を確保したい
残留（ロックアップ）が向いているケース
- 取引先・従業員との関係が経営者個人に依存している
- 属人的なノウハウ・許認可の引継ぎに時間がかかる
- 買い手が一定期間の関与を強く求めている
- 段階的に関与を減らし、対外的な信用を維持したい
避けたい進め方（こんな状態は危険）
- 連帯保証の解除を契約に明記せず、口約束のまま決済する
- 退職金の「退職実態」を設計せず、形だけ役員に残る
- 買い手の新役員選任の準備を確認せず、権利義務取締役として残されてしまう
- 辞任届・印鑑証明書の準備を当日まで放置する
迷ったときは、自社の引継ぎ難易度（取引先・許認可・ノウハウの属人性）と、退職金・連帯保証の設計を軸に判断するのが現実的です。最終契約の文言に落とし込む段階で、必ず弁護士・税理士のチェックを受けましょう。
よくある質問（FAQ）
Q. 代表取締役は株式譲渡の決済と同時に辞任できますか？
理屈の上では可能です。辞任の効力は本人の意思表示が会社に到達した時点で生じ、株主総会の決議は不要だからです。ただし決済の瞬間に代表が抜けると直後の臨時株主総会の議長が不在になるため、実務では新代表の選任が完了する時点に効力を合わせて設計します（出典: GVA法人登記、豊中司法書士ふじた事務所、確認日2026-06-27）。
Q. 役員変更登記は自分でやる必要がありますか？
通常は司法書士がクロージングに同席し、辞任届などを預かって登記申請を代行します。売主側で個別に登記する必要は基本的にありません。ただし辞任届・印鑑証明書など「売主しか用意できない書類」は自分で準備します。登記は辞任から2週間以内が期限です。
Q. 配偶者や親族が取締役の場合も辞任しますか？
経営に関与していた身内役員も、オーナーと同じタイミングで辞任するのが一般的です。誰がいつ辞任し、登記上どう処理するかは、辞任届を全員分用意したうえで事前に整理しておきましょう。残留させる場合は退職金・報酬の税務上の扱いに注意が必要です。
Q. 役員を辞めれば連帯保証も自動的に外れますか？
外れません。連帯保証や担保は株式譲渡では自動的に買い手へ切り替わらず、金融機関との解除手続きが別途必要です。最終契約書に買い手の保証解除義務を明記しておくこと、2025年1月からはM&A仲介協会の業界ルールでも保証解除が義務付けられていることを押さえておきましょう（出典: 日本経済新聞、確認日2026-06-27）。
Q. 退職金を受け取りながら会社に残ることはできますか？
残ること自体は可能ですが、退職金が「退職所得」として認められるには実質的な退職実態が必要です。常勤から非常勤へ、取締役から監査役へ、報酬が概ね50%以上減少しているといった実態がないと、退職金が否認されるリスクがあります。スキーム設計は必ず税理士に相談してください。
まとめ：辞任・登記・退職金・連帯保証をワンセットで設計する
M&A（株式譲渡）における役員・取締役の辞任は、「決済と同時に辞任、ただし効力時点は新代表選任に合わせる」のが基本です。そして辞任は単独で完結せず、変更登記（2週間以内）・役員退職金スキーム・連帯保証解除と連動して動きます。
特に売り手が見落としやすいのが、連帯保証が辞任しても自動で消えない点と、退職金の退職実態要件です。前者は2025年1月からの業界ルールで保護が強化されたとはいえ、契約への明記が安全です。後者は税理士と設計しないと、せっかくの節税スキームが否認されかねません。
決済日を起点とした逆算タイムラインを早めに関係者で共有し、辞任届・印鑑証明書の準備、退職金の決議、連帯保証の調整を並行して進めましょう。
次に読むと理解が深まる関連記事:
- M&A クロージングとは 手続き・流れ — 決済当日の全体像
- M&A 売却 流れ — 売却プロセスの全体像
- 会社売却 個人保証・連帯保証 解除方法 — 経営者保証の外し方
- M&A ロックアップ条項とは — 残留期間の制約
- 事業承継 税金 節税 — 退職金・売却時の税務
本記事は一般的な手続きの解説であり、個別の税務・法務判断を保証するものではありません。役員退職金スキーム、連帯保証の解除条件、登記手続きの詳細は、必ず税理士・弁護士・司法書士などの専門家にご相談ください。
