フランチャイズ加盟店のM&A｜注意点・仲介会社の選び方・売却の流れを徹底解説

フランチャイズ加盟店（FC）のM&Aは可能ですが、通常のM&Aと決定的に異なる点がひとつあります。それは「フランチャイズ本部の事前承認が不可欠」という点です。 本部に無断で進めると、フランチャイズ契約の解除・違約金請求というリスクが生じます。

この記事では、フランチャイズ加盟店の売却を検討しているオーナー向けに、以下の内容をまとめています。

• 本部承認が必要な理由と、承認を得るための準備
• 株式譲渡・事業譲渡のどちらを選ぶべきか
• 売却価格の算定方法と業種別の目安
• 仲介会社・マッチングプラットフォームの比較表
• 売却に向いている加盟店・向いていない加盟店の整理
• M&A後のロックアップ・競業避止義務の注意点

法的・税務的な判断については、弁護士・税理士へのご相談を強くおすすめします。

フランチャイズ加盟店のM&Aで最初に確認すべきこと

フランチャイズ加盟店のM&Aを始める前に、まず手元のフランチャイズ契約書を確認してください。「譲渡禁止条項」の有無と、本部承認に関する手続き規定が記載されているはずです。

一般的なフランチャイズ契約では、加盟店オーナーが事業・株式を第三者に譲渡する場合、本部の事前同意が義務付けられています。ただし、契約書の内容は本部・ブランドによって異なるため、「一般的にはこうだ」という認識で進めることは危険です。

フランチャイズ加盟店M&Aが通常のM&Aと異なる3つのポイント

これらの特殊性を理解した上で、M&Aの仲介会社・アドバイザー選びでも「フランチャイズ案件の実績があるか」を必ず確認することが重要です。

スキームの選択：株式譲渡 vs 事業譲渡

フランチャイズ加盟店のM&Aで用いられる主なスキームは「株式譲渡」と「事業譲渡」の2種類です。どちらを選ぶかは、店舗数・法人形態・売却後の手続きの複雑さによって変わります。

① 株式譲渡（会社ごと売却）

オーナーが保有する株式を買い手に譲渡する方法です。法人格は変わらないため、既存のフランチャイズ契約・賃貸借契約・雇用契約は原則そのまま継続されます。

• 対象規模: 数十店舗以上の多店舗展開、または複数事業を持つ法人
• メリット: 契約の個別引き継ぎが不要。手続きがシンプルになりやすい
• デメリット: 会社の債務・簿外リスクも引き継がれるため、買い手が慎重になる
• 注意: 株主異動（支配権変動）によって本部が解除権を行使できる「COC条項（Change of Control条項）」が契約に含まれている場合、株式譲渡でも本部承認が必要になる

中小M&Aガイドライン第3版（2024年8月・経済産業省）では、フランチャイズ契約等のCOC条項についても確認を行うよう明記されています（出典: https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/m_and_a_guideline.html ）。

② 事業譲渡（店舗・事業を売却）

特定の店舗・事業だけを切り出して譲渡する方法です。法人格は売り手に残ります。

• 対象規模: 1〜数店舗程度のスモール案件
• メリット: 特定の店舗だけを売却し、残りの事業を続けられる
• デメリット: 買い手が本部と新たにフランチャイズ契約を締結する必要がある。賃貸借契約・雇用契約も個別に引き継ぎ手続きが必要。本部が新たな加盟者として買い手を認めない場合、取引が成立しない
• 注意: 事業譲渡の場合、消費税の課税対象になるケースがある（税理士に要確認）

スキーム選択の目安

売却価格の算定方法と業種別目安

フランチャイズ加盟店の売却価格は、一般的に年買法（時価純資産 ＋ のれん代）で算定されます。

年買法の計算式

売却価格 = 時価純資産（時価総資産 − 時価総負債） + のれん代
のれん代 = 過去3年間の営業利益平均 × 3〜5年分

ただし、フランチャイズ加盟店の場合、ブランド価値・ノウハウは本部（フランチャイザー）に帰属します。加盟店固有の「立地の優位性・顧客基盤・従業員のスキル・地域での信頼」がのれん評価の対象となります。

⚠️ のれん代の倍率（3〜5年）は業種・業績・市場環境によって大きく変動します。以下の業種別目安はあくまで参考値であり、実際の価格は専門家（M&Aアドバイザー・公認会計士）による査定が必要です。

業種別の売却価格目安（参考値・2026年5月時点）

実際の事例として、M&A総合研究所の掲載事例では以下のような案件が紹介されています（出典: masouken.com、2026年5月時点確認）：

• クレープ販売フランチャイズ: 売上2.5〜5億円、希望売却価格2.5〜5億円
• 明光ネットワークジャパン関連: 譲渡価額約6億円
• 治郎丸（海帆）事業譲渡: 譲渡価額約6,000万円

フランチャイズ加盟店M&Aの5つの注意点

フランチャイズ加盟店のM&Aには、通常の会社売却では生じない独自のリスクがあります。以下の5点は、M&Aを進める前に必ず確認してください。

注意点① 本部承認なしで進めると契約解除・違約金リスク

フランチャイズ契約の多くには、本部の承認なしに譲渡した場合に契約解除・違約金請求ができる条項が含まれています。

M&Aの交渉を秘密裏に進めることは一般的ですが、本部にはM&Aの事実が最終的に必ず伝わります。本部への事前相談のタイミングと伝え方は、仲介会社と慎重に設計してください。

注意点② COC条項（Change of Control条項）の確認

株式譲渡の場合でも、フランチャイズ契約にCOC条項（支配権変動条項）が盛り込まれていると、株主が変わった時点で本部が契約解除権を行使できます。中小M&Aガイドライン第3版（2024年8月）でも、この点の事前確認が強調されています。

注意点③ 競業避止義務とロックアップ期間の確認

フランチャイズ契約には契約期間中・終了後の競業避止義務が含まれているケースがほとんどです。M&A後に同業種で起業・就業を考えている場合、「いつまで・どの地域・どの業種で」競業が禁止されるのかを弁護士と確認してください。

過度に広い範囲の競業避止義務は、職業選択の自由との兼ね合いで法的に無効と判断されることもありますが、判断は個別ケースに依存します。

また、M&A契約では売り手（元オーナー）が一定期間、事業の引き継ぎ業務に従事することを求める「ロックアップ条項」が設けられることがあります。フランチャイズ加盟店の場合、新オーナーが本部承認を得て運営を安定させるまでの期間、売り手のサポートが求められるケースが多く見られます。

• ロックアップ期間の目安: 一般的に6ヶ月〜2年程度（案件の規模・業種による）
• 内容: 店舗運営の引き継ぎ、従業員・取引先への挨拶、本部との関係構築支援
• 報酬: ロックアップ中の役員報酬・顧問料は契約書に明記すること

競業避止義務とロックアップの両方が重なる場合、売り手の行動制約が長期化するリスクがあります。最終契約書の内容を弁護士と必ず確認してください。

注意点④ 賃貸借契約の取り扱い

事業譲渡の場合、店舗の賃貸借契約は買い手が大家と新たに契約するか、転貸（サブリース）の承認を得る必要があります。大家が転貸を承認しない場合、物件確保ができずにM&Aが成立しないリスクがあります。

注意点⑤ 保証金・ロイヤリティ未払いの精算

未払いのロイヤリティ・加盟保証金の精算が必要です。これらが残っている場合、本部が承認を出さないケースもあります。M&Aを進める前に本部との債権債務関係を整理しておくことが重要です。

本部承認を得るための準備と手順

本部承認は、フランチャイズ加盟店M&Aの最大のハードルです。審査には数ヶ月を要するケースもあります。スムーズに承認を得るために、以下の準備を進めてください。

本部承認前に準備すべき書類・確認事項

1. フランチャイズ契約書の確認
   • 譲渡禁止条項の有無と内容
   • 本部承認に必要な手続きと申請書類
   • COC条項の有無
2. 買い手候補の情報整理
   • 買い手の経営能力・経営実績
   • 財務状況（貸借対照表・損益計算書）
   • ブランドへの適合性・業種経験
3. 債権債務の確認と精算
   • 未払いロイヤリティの有無
   • 加盟保証金の返還・引き継ぎ条件
   • 研修費・システム利用料の精算
4. 本部への報告タイミングの設計
   • 基本合意（LOI）締結前後が一般的
   • 仲介会社と連携して本部への説明資料を準備

本部に対して丁寧かつ早期に情報共有することが、承認取得の近道です。仲介会社が本部との折衝を支援してくれるケースもあるため、フランチャイズ案件の実績がある仲介会社を選ぶことが重要です。

フランチャイズ加盟店M&Aに対応できる仲介会社・プラットフォームの比較

フランチャイズ加盟店のM&Aに対応できる会社を、規模感と費用体系で整理しました。

主要仲介会社・プラットフォームの比較表（2026年5月時点）

⚠️ 上記の手数料・対応範囲は2026年5月時点の公式情報を元にしています。各社の最新情報は必ず公式サイトでご確認ください。特にM&Aの窓口の手数料は公式サイトに明記がなく、直接問い合わせを推奨します。

規模別おすすめの選び方

1〜5店舗のスモールM&A（売却額1億円以下）

まずバトンズを検討してください。国内最大級の案件数を持ち、フランチャイジー売却案件も628件（2026年5月時点）と豊富です。着手金なし・プラットフォーム型のため初期コストを抑えられます。M&A Passも基本合意まで無料で使え、比較的リスクが低い選択肢です。

5〜20店舗程度の中小規模

M&A総合研究所またはM&Aの窓口が候補になります。M&A総合研究所は完全成功報酬で着手金がなく、フランチャイズ案件の実績も公開されています。チェーン店・フランチャイズ特化という強みを持つM&Aの窓口は、本部との折衝ノウハウが期待できます。

20店舗以上・売却額5億円超の大規模案件

日本M&AセンターやM&Aキャピタルパートナーズなど中堅以上を対象とする大手仲介会社が適しています。ただし最低報酬額が高めに設定されているため、売却規模に見合った選択が必要です。

→ M&A仲介会社の全体的な比較はM&A仲介会社おすすめ比較ガイドで詳しく解説しています。

こんな加盟店に向いている・向いていない

M&Aによる売却に向いている加盟店

• 後継者がいない、または引退を検討しているオーナー
• 複数店舗を展開しており、事業規模が売却に適している
• 黒字経営が続いている、または直近で収益が安定している
• 立地・顧客基盤が明確な強みになっている（スクラップ＆ビルドではなく、継続価値がある）
• 本部との関係が良好で、承認を得やすい状況にある

M&Aが難しい・向いていない加盟店

• 赤字経営が続いており、改善の見通しが立っていない（売却価格が極めて低くなるか、買い手が見つからないことも）
• フランチャイズ契約残期間が1年未満（買い手にとって投資回収の見通しが立てにくい）
• 本部との関係が悪化している、またはロイヤリティ未払い等のトラブルがある
• 個人事業主として加盟しており、資産・負債の切り分けが複雑
• 賃貸物件の転貸が大家に認められていない（事業譲渡を検討する場合）

フランチャイズ加盟店M&Aの流れ（7ステップ）

Step 1. 仲介会社・アドバイザーへの相談

M&A仲介会社または財務アドバイザー（FA）に相談します。フランチャイズ案件の経験があるかを確認することが重要です。多くの会社で無料相談が可能です。

Step 2. フランチャイズ契約書の精査

仲介会社・弁護士とともに、フランチャイズ契約書の譲渡禁止条項・COC条項・競業避止義務を確認します。

Step 3. 企業価値の評価（バリュエーション）

年買法等の手法で売却価格の目安を算定します。財務書類（貸借対照表・損益計算書）の3〜5期分を準備してください。

Step 4. 買い手候補の探索・マッチング

仲介会社またはプラットフォームを通じて買い手候補を探します。秘密保持契約（NDA）を締結した上で情報開示を進めます。

Step 5. 本部への事前相談・承認申請

基本合意（LOI）を締結する前後のタイミングで、フランチャイズ本部に売却の意向を伝え、承認申請を行います。審査には数週間〜数ヶ月かかるケースがあります。

Step 6. デューデリジェンス（DD）・最終交渉

買い手が財務・法務・事業調査（DD）を実施します。調査結果を踏まえて売却価格・契約条件を最終交渉します。

Step 7. 最終契約・クロージング

株式譲渡契約書または事業譲渡契約書を締結し、代金の授受・引き継ぎを完了します。事業譲渡の場合は、買い手が本部と新たなフランチャイズ契約を締結します。

→ M&Aの全体的な流れについてはM&A売却の流れガイドもあわせてご確認ください。

よくある質問（FAQ）

Q. 本部が承認しなかった場合、M&Aはできないのですか？

A. 原則として、承認なしにM&Aを実施することはできません。 フランチャイズ契約に反して無断でM&Aを進めた場合、本部から契約解除・違約金請求を受けるリスクがあります。本部が承認しない理由（買い手の資力・経験不足など）を把握した上で、条件を再調整するか、別の買い手を探すことが現実的な対応です。

Q. フランチャイズ契約の残期間中でも売却できますか？

A. 残期間中でも売却は可能ですが、注意が必要です。 契約期間内の売却は本部の承認がより厳しくなる傾向があります。また、契約期間が短い場合、買い手にとって投資回収の見通しが立てにくく、売却価格が低くなるか買い手が見つかりにくくなります。契約更新のタイミングに合わせてM&Aを計画することも選択肢のひとつです。

Q. 赤字経営でもフランチャイズ加盟店を売却できますか？

A. 赤字でも売却できるケースはありますが、売却価格は大幅に低くなります。 立地・設備・顧客名簿・従業員など、収益以外の資産価値が評価される場合は売却できる可能性があります。赤字が続く場合は、M&Aを急ぐよりも早期に仲介会社に相談し、適切なタイミングを見極めることが重要です。

Q. 個人事業主としてフランチャイズに加盟しています。売却できますか？

A. 個人事業主の場合は「事業譲渡」のみが選択肢となります。 法人であれば株式譲渡も選べますが、個人事業主は法人格がないため株式譲渡はできません。事業譲渡の場合、賃貸借契約・雇用契約・本部との契約を個別に引き継ぐ手続きが必要です。

Q. M&A後の競業避止義務はどの程度続くのですか？

A. フランチャイズ契約とM&A契約の両方に競業避止義務が含まれる可能性があり、個別の契約内容によります。 一般的に競業避止義務は2〜5年程度が多いとされますが、期間・地域・対象業種の具体的な条件は契約書により異なります。過度に広い制限は法的に無効と判断される場合もあります。詳細は弁護士にご相談ください。

Q. バトンズとM&A仲介会社では、どちらを選べばいいですか？

A. 売却規模が1億円以下のスモール案件ならバトンズ、1億円超の案件では仲介会社の活用を検討してください。 バトンズはプラットフォーム型のため低コストで始められますが、交渉サポートは限定的です。中小規模以上の案件では、フランチャイズ案件の実績がある仲介会社に依頼した方が、本部との交渉・契約書対応など総合的なサポートを得られます。

まとめ：フランチャイズ加盟店M&Aの成否は「本部との連携」で決まる

フランチャイズ加盟店のM&Aは、通常のM&Aよりも本部・買い手・仲介会社の三者が連携することが成功の鍵です。重要ポイントをまとめます。

• まず契約書を確認: 譲渡禁止条項・COC条項の有無を確認してから動く
• 本部承認を最優先で設計: 買い手探しと並行して、本部への相談タイミングを仲介会社と設計する
• スキームは規模で選ぶ: 数店舗は事業譲渡、多店舗展開の法人は株式譲渡が基本
• 売却価格は業種・業績・立地で変動: 年買法を基本に、専門家の査定を参考にする
• ロックアップと競業避止義務: M&A後の行動制約（期間・地域・業種）を契約書で確認する
• 仲介会社はフランチャイズ案件の実績を確認: スモールM&AはバトンズやM&A Pass、中小以上はM&A総合研究所・M&Aの窓口が選択肢

競業避止義務・税務（譲渡所得税・消費税等）・賃貸借契約など法的・税務的な判断が伴う部分については、弁護士・税理士・公認会計士への相談を強くおすすめします。

→ M&Aに関する基礎知識はM&Aとは？仕組み・種類・流れをわかりやすく解説でご確認ください。

→ 仲介会社全体の比較はM&A仲介会社おすすめ比較ガイドをあわせてご覧ください。

→ 手数料・費用の相場についてはM&A費用・手数料の相場ガイドで詳しく解説しています。